تحقیق و پژوهش به رغم فواید بسیاری که دارد از بعضی آفات و لغزش گاه ها مصون نیست. برخی از مهمترین این آفات عبارتند از:

1. یک سو نگری: یک چشم را در تحقیق گشودن، دیدگاه های گوناگون را ندیدن و جوانب مثبت و منفی موضوع را نپاییدن، موجب یک سو نگری در تحقیق می گردد. برخی از عواملی که باعث یک سو نگری محقق می شود عبارتند از: داشتن حبّ یا بغض نسبت به موضوع تحقیق، عدم دست رسی به همه ی اطلاعات لازم، تقدیس ها و تکفیر ها، تعصبات قومی، مذهبی یا سیاسی، به میان آمدن منافع و مضارّو..

2. عامیانه سازی: نوشتار علمی و تحقیقی نباید همراه با سادگی گفتار بوده و عوامانه باشد.

3. آمیختگی به تعابیر احساسی: وقتی نوشتارتحقیقی به احساسات، تملق یا اهانت آمیخته شود گر چه مشتمل بر حقایقی هم باشد، حقایق آن مورد غفلت واقع میگردد.

4. تنبلی در تتبّع و تفکر.

5. انعطاف ناپذیری در برابر حقایق.(مهدی زاده، 1388 ،ص 31 )